Pour la réalisation du programme, les partenaires apportent leur concours en terme de compétences et de moyens selon l’organisation suivante :
- L’Etat exerce sa compétence légale en matière de recherche scientifique dans la zone économique et en matière d’application des conventions internationales, sous réserve des dispositions du 10° de l’article 22 de la loi organique n° 99-209 du 19 mars 1999 modifiée relative à la NOUVELLE-CALEDONIE, conformément à l’article 21 I-12°. Il apporte son concours technique et financier au programme.
- La NOUVELLE-CALEDONIE exerce sa compétence légale sur la zone économique exclusive conformément à l’article 22-10° de la loi précitée, et apporte un concours technique et financier au programme.
- Les Provinces exercent leurs compétences légales sur les eaux territoriales et intérieures, ainsi qu’en matière de développement économique, conformément à l’article 46 de la loi précitée, et apportent un concours technique et financier au programme.
- L’IFREMER, Météo France, l’IRD, l’UNC, et l’Aquarium des Lagons, contribuent à l’exécution du programme en fournissant, dans la mesure de leurs disponibilités, des moyens techniques, humains et scientifiques.
- Le Service Hydrographique et Océanographique de la Marine contribue à l’exécution du programme au titre de sa mission de service public de l’hydrographie générale relevant de l’action de l’Etat en mer, dans le cadre des opérations inscrites au schéma directeur de l’hydrographie. Il peut aussi contribuer à l’exécution d’autres opérations en fournissant dans la mesure de ses disponibilités, des moyens techniques, humains et scientifiques."