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Identification géntique des populations ichtyques de Beryx splendens

2003

Enveloppe

Résultats obtenus

Les premiers tests ont été effectués à partir du Cytochrome b, marqueur mitochondrial fréquemment choisi en étude des populations pour sa capacité à résoudre ce genre de questionnement. Ce marqueur ne s'est pas révélé assez variable pour mettre en évidence une variabilité génétique à l'échelle locale, comme à l'échelle mondiale chez Beryx Splendens. Un nouveau marqueur mitochondrial, la D-Loop, réputé comme étant hypervariable et donc théoriquement bien adapté à notre souci de mise en évidence de la variabilité génétique intraspécifique, a donc été utilisé. Cependant, les résultats obtenus ont été quasi similaires à ceux obtenus par le premier marqueur, c'est-à-dire que la variabilité révélée était plus individuelle que réellement géographique. Il est très rare de ne pas mettre en évidence de structure génétique réellement reliée à la géographie, surtout à si grande échelle. Différentes hypothèses d'interprétation peuvent être avancées : l'espèce ne présente pas de variabilité génétique caractéristique des zones géographiques, même à l'échelle inter-océans (population homogène) il existe un brassage génétique considérable dû à l'intervention des courants marins au stade larvaire (peu probable vue la distance géographique qui sépare des lots d'échantillons comme ceux du Japon et de l'Atlantique) l'espèce présente une évolution moléculaire remarquablement lente au cours du temps et trop peu de mutations ont à ce jour eu lieu pour pouvoir distinguer de façon géographique des discriminations génétiques bien que reconnus comme étant généralement de bons marqueurs de populations, le Cytochrome b et la D-Loop utilisés au cours de cette étude ne sont pas suffisamment variables pour mettre en évidence la potentielle variabilité intra-spécifique de l'espèce, qu'il s'agisse de l'échelle locale ou mondiale.

De nouveaux essais sont en cours, avec cette fois l'utilisation de marqueurs nucléaires (introns). Un début de polymorphisme a été mis en évidence mais les résultats obtenus ne sont à ce jour pas suffisants pour nous permettre de dire s'il s'agit d'un polymorphisme « géographique » ou non. Parallèlement, un séquençage du génome mitochondrial complet va être entrepris. La technique a d'ores et déjà été réalisée par une équipe japonaise sur un échantillon de Beryx splendens du Japon.

Le travail va être réalisé sur un échantillon opposé géographiquement (Atlantique), ce qui permettra par comparaison des 2 séquences de 16529 pb d'estimer le nombre mutations et donc de sites sensés être informatifs (Single Nucleotide Polymorphism) entre individus de la même espèce mais de localités différentes.

 

Geographical area

Zones géographiques détaillées :

ZEE