Afin d'élaborer le programme 2009/2010, des réunions de travail ont été organisées de décembre 2008 à mars 2009, avec des représenatnts des partenaires institutionnles et scientifiques. Ces travaux ont permis d'identifier les priorités du programme 2009/2010, sur la base desquelles a été lancé un appel à proposition de début mai à mi juin 2009.
Conformément aux modalités d'évaluation et de sélection adopté en 2006, le Comité Technique Inter Collectivités (CTI) et le Comité Scientifique (CS) se sont réunis respectivement les 21 et 30 juillet 2009. Ces comités ont émis un avis sur les 14 propositions reçues.
Le Groupe de Projet (GP) s'est qaunt à lui réuni le 28 aout 2009, et compte tenu des avis des Comités Scientifiques et Inetr Collectivités, et des précisions apportées ou des avis d'experts reçus, a proposé que 10 opérations soient retenues, pour un budget global de 70.75 millions FCFP, auxquels il convient d'ajouter 21.25 millions FCFP pour l'opération « Groupe de projet 2009-2010 », soit un total pour le programme 2009-2010, hors informatique, de 96.60 millions FCFP, frais de gestion inclus.