Pour les années 2000 à 2004, le programme ZoNéCo a fait l'objet d'une contractualisation entre l'Etat et les collectivités locales, dans le cadre du contrat de développement intercollectivités signé le 18 mai 2001. Son exercice a été prolongé en 2005.
Depuis 2002, la gestion et la coordination du programme sont assurés par l'ADECAL, l'Agence de développement économique de la Nouvelle-Calédonie.
Le comité de pilotage, représenté par l'Assemblée Générale de l'ADECAL, élargie au programme ZoNéCo, est responsable de la définition des grandes orientations du programme.
Le Groupe de Projet, qui élabore les actions annuelles ou pluriannuelles est co-animé par le Directeur Général de l'ADECAL et le Coordinateur Scientifique, assistés d'un responsable de chacune des 3 cellules mises en place en 2002 : cellule "ressources minérales", cellule "ressources vivantes" et cellule "bathymétrie et environnement" , cette dernière ayant pour vocation d'enrichir la cellule "ressources vivantes" des connaissances nécessaires pour comprendre les ressources dans leur contexte environnemental.
Chacune des cellules est constituée d'un panel de scientifiques et décideurs chargés de réfléchir aux thématiques à aborder, et susciter puis évaluer les propositions d'actions en faisant au besoin appel à des compétences extérieures pour ces évaluations.
Ces trois cellules s'appuient sur la Structure de Gestion et de Valorisation Locale, la SGVL qui a pour vocation de collecter l'information existante comme celle issue du programme , d'archiver numériquement les données comme les rapports scientifiques et techniques. Elle constitue la mémoire du programme.
La programmation 2000-2005 a permis la réalisation de 39 opérations annuelles ou pluriannuelles, ayant mobilié plus de 100 chercheurs représentant un investissement total en temps de recherche supérieur à 50 années d'équivalent temps plein. En termes de production scientifique, cette exercice de programmation aura permis l'édition de 69 rapports techniques (représentant un peu plus de 2900 pages de résultats détaillés). Les résultats issus des activités du programme ont été présentés à la communauté scientifique à l'occasion de 49 congrès internationaux et de 31 communications lors de congès nationaux. Ces résultats ont également conduit à la rédaction de 35 articles indexés au Science Citation Index. Enfin, les activités du programme on permis l'encadrement de 9 étudiants en thèse et de 11 étudiants en DEA, en master ou préparant un diplôme d'ingénieur.
