Le programme ZoNéCo est caractérisé par une grande diversité d'échelles et une complexité des approches et méthodes utilisées au rang desquelles : les sondeurs multifaisceaux pour la bathymétrie, la sismique et la géologie, l'océanographie physique, l'imagerie satellitaire, la biogéochimie, la biologie et la génétique, l'halieutique, l'habitat, les enquêtes de terrain et les réseaux de suivi, jusqu'à la socio-économie et les études de marché.
Pour la période 2006-2010, pour donner une cohérence d'ensemble à la programmation, les opérations conduites dans le cadre du programme ont été regroupées en 5 grandes thématiques, distinguant les domaines lagonaire, côtier et océanique. Il s'agit:
- des ressources minérales
- de l'environnement
- des relations ressources-environnement
- de la caractérisation des ressources et des modes de gestion
- et de la gestion des activités humaines
En matière de gouvernance, le groupe de projet ZoNéCo, co-animé par l'ADECAL et le coordinateur scientifique du programme, s'appuie depuis 2006 sur 2 comités consultatifs:
- le "Comité Technique Intercollectivités", composé de représentants des partenaires institutionnels du programme;
- le "Comité Scientifique", composé de représentants de chacun des organismes de recherche partenaires.
Ces comités permettent en outre une meilleure prise en compte des besoins des collectivités et de distinguer les fonctions de proposants et d'évaluateurs, notamment par rapport aux propositions émanant de chercheurs locaux.
Pour l'élaboration des programmes annuels, le groupe de projet a lancé des appels à propositions sur la base du cadre logique 2006-2010 et d'un ensemble de fiches d'objectifs, élaborées en concertation avec les partenaires etreprésentatifs des thématiques prioritaires. Ces appels à proposition ont été diffusés publiquement, notamment par voie de presse.
Les propositions ont été évaluées par le Comité Scientifique, chargé d'émettre un avis sur l'adéquation entre la démarche scientifique et les résultats attendus de chaque opération proposée et par le Comité Technique Inter collectivités, chargé d'émettre un avis sur l'opportunité de réaliser les opérations proposées, à savoir sur l'adéquation entre les résultats attendus des opérations et les besoins des collectivités.
C'est sur cette base que les programmes 2007, 2008 et 2009-2010 ont pu être élaborés et votés respectivement en décembre 2006, mai 2008 et octobre 2009, par l'Assemblée Générale de l'ADECAL qui est élargie, lorsque ZoNéCo est à l'ordre du jour, aux partenaires scientifiques du programme.
Sur un total de plus de 70 projets soumis, ce sont 38 opérations annuelles ou pluriannuelles qui auront été retenues et lancées au titre de la programmation 2006-2010.
Au cours de la programmation 2006-2010, qui s'est étalée jusqu'en 2012 pour certaines opérations, le programme ZoNéCo a su mobiliser plus de 140 chercheurs de divers instituts et organismes français (IRD, IFREMER, CNRS, MNHN, Université de Nouvelle-Calédonie, Aquarium des Lagons) et étrangers ou internationaux (CPS, Université et Instituts de recherche Australiens et Néo-Zélandais). Il a également permis d'associer plus d'une dizaine d'acteurs du secteur privé (bureaux d'étude, aquaculteurs), à la réalisation ou à la coordination d'opérations. Au total, le programme aura impliqué la participation de 460 personnes pour un équivalent temps plein "Recherche et Développement" évalué à 72 années.
En termes de production, 85 rapports scientifiques ou techniques représentant plus de 4000 pages de résultats détaillés auront été produits. Les résultats issus des activités du programme ont été présentés à la communauté scientifique à l’occasion de 34 communications lors de congrès internationaux et de 16 communications lors de congrès nationaux. Ces résultats ont également conduit à la rédaction de 54 articles indexés. La valorisation des données scientifiques se poursuit avec la préparation recensée de 13 articles. La diffusion des résultats obtenus a été réalisée par la rédaction et la diffusion de 14 synthèses d’opérations et la tenue de 18 séminaires et restitutions. La programmation 2006-2011 aura également permis la réalisation de 15 atlas et applications concrètes.
Entre 2006 et 2012, les activités du programme ont également permis l'encadrement de 12 étudiants en thèse, 12 en DEA, en master ou préparant un diplôme d'ingénieur.
