Le programme ZoNéCo est caractérisé par une grande diversité d'échelles et une complexité des approches et méthodes utilisées au rang desquelles : les sondeurs multifaisceaux pour la bathymétrie, la sismique et la géologie, l'océanographie physique, l'imagerie satellitaire, la biogéochimie, la biologie et la génétique, l'halieutique, l'habitat, les enquêtes de terrain et les réseaux de suivi, jusqu'à la socio-économie et les études de marché.
C'est donc afin de donner une cohérence d'ensemble aux différentes programmations, que les opérations conduites dans le cadre du programme ZoNéCo ont été regroupées en 6 grandes thématiques, distinguant les domaines lagonaires et cotiers des domaines océaniques et les ressources vivantes des ressources minérales. Il s'agit:
- les ressources minérales
- l'environnement hauturier
- l'environnement lagonaire
- Les relations entre les ressources et l'environnement hauturier
- les relations entre les ressources et l'environnement lagonaire
- les activités humaines
