Les levés hydrographiques ne sont générés sous forme numérique lors de leur réalisation que depuis le début du 21ème siècle. Tout l’historique précédent ce passage à l’ère du numérique n’existe que sous forme de minutes dites de bathymétrie, documents papier de diverses qualités. Leur numérisation est nécessaire pour pouvoir exploiter ces données avec des outils modernes de cartographie.
Un premier contrat a été passé pour la numérisation d'une partie des minutes anciennes (convention E1/96 du 11 janvier 1996), couvrant les abords (hors lagons) de la Grande-Terre, le Récif Durand, les abords des iles Matthew et Hunter.
Le sixième Comité de Pilotage ZoNéCo ayant suggéré que le programme élargisse sa zone d'intérêt au lagon, un nouveau contrat est passé avec le SHOM pour le financement de la numérisation des minutes bathymétriques lagonaires dès 1999. Cela a abouti à la numérisation de près de 1 000 000 de sondes bathymétriques lagonaires.
A l’issu de ce contrat demeuraient des zones du lagon pour lesquelles existaient des minutes bathymétriques non numérisées. Le Service de la Géomatique et de la Télédétection a pris en charge la numérisation, en 2007/2008, de près de 600 000 nouvelles sondes lagonaires.
